Anledningen till att antibiotika används inom djuruppfödning beror i många fall på att alltför många djur hålls tillsammans i trånga utrymmen. Hygienbrister och överanvändning av antibiotika leder till resistens, som gör det svårare att behandla bakteriella sjukdomar hos både djur och människor. År 2050 kan hundratals miljoner människor ha dött i förtid av antibiotikaresistens, om inget görs nu.
I Sverige används fortfarande en typ av antibiotika rutinmässigt inom kycklinguppfödning, för att förebygga en tarmsjukdom. Trots att antibiotikan inte används inom humanvård, finns det rapporter om att hög användning kan leda till påverkan på människor som äter kycklingkött eller som arbetar i kycklingindustrin. Enligt en rapport från Arbetsmiljöverket är kycklingbönder och -slaktare, två av de yrkesgrupper som riskerar att drabbas av resistenta bakterier i Sverige. Trots att ingen annan antibiotika använts än koccidiostatika.
En annan källa till antibiotikaresistens är den stora mängd djurspillning som samlas på kycklinggårdar. Spillningen innehåller antibiotikaresistenta bakterier oavsett om kycklingarna har fått antibiotika eller ej. Detta beror på att unga djur naturligt har sådana bakterier i tarmarna, och i kycklingindustrin blir det väldigt mycket spillning från tiotusentals unga djur på varje gård. Sverige är ett av de länder med flest kycklingar per gård inom EU.
Förutom att dålig djurhållning påverkar kycklingarna negativt och leder till antibiotikaanvändning, så gör även den rutinmässiga antibiotikautfodringen att kycklingarna får problem med resistenta parasiter och bakterier. Kycklingar som börjar få resistenta parasiter har sämre tarmhälsa trots antibiotika i fodret, än de kycklingar som blivit vaccinerade. De få gårdar som har mer utrymme för sina kycklingar och/eller vaccinerar dem har generellt också kycklingar som mår bättre.
Även import av avelsdjur från djurhållning där antibiotika getts gör att kycklingar som slaktas i Sverige kan bära på resistenta bakterier i olika grad. På svenskt kycklingkött från livsmedelsbutiker fanns det antibiotikaresistenta bakterier i 12 % av proverna 2018 och hela 44 % år 2016.